東京医薬専門学校の校舎は、大手町から東京メトロ東西線で17分の葛西駅近く（徒歩３分）にあります。
通常教室の他、学生の方々が共用でご使用いただく施設（キャリアセンター、図書室、PCルーム）と、本物さながらの各学科の実習室があります。